Ở hầu hết những người bị trào ngược dạ dày thực quản, khi cơ vòng thực quản dưới bị khiếm khuyết hoặc bị vượt quá sức chịu đựng dẫn đến một lượng acid hoặc mật và chất lỏng có chứa acid trào vào thực quản và ở trong thực quản một thời gian dài sẽ dẫn đến tổn thương niêm mạc vùng thực quản